Για την εξυπηρέτηση των σκοπών της εκπαίδευσης και της έρευνας, λειτουργεί στο ΔΠΘ η Κεντρική Βιβλιοθήκη με έδρα την Κομοτηνή και παράρτημα στην Αλεξανδρούπολη για τη Σχολή Επιστημών Υγείας. Κάθε φοιτητής/-τρια μπορεί μέσω της ιστοσελίδας αναζήτησης της Κεντρικής βιβλιοθήκης να εντοπίσει υλικό (βιβλία, περιοδικά κ.α.) και να προχωρήσει στον δανεισμό του.
Η Βιβλιοθήκη της Σχολής Επιστημών Υγείας στεγάζεται στην Πανεπιστημιούπολη της Δραγάνας σε πολύ κοντινή απόσταση από το ΤΜΒΓ και διαθέτει άπλετο, φωτεινό και ήσυχο χώρο για ανάγνωση και μελέτη. Το υλικό της Βιβλιοθήκης περιλαμβάνει λεξικά, άτλαντες, ABSTRACTS, το ΙΝDΕΧ ΜΕDICUS και περιοδικά. Διατίθενται επίσης Η/Υ συνδεδεμένοι στο διαδίκτυο για αναζήτηση βιβλιογραφίας.
H βιβλιοθήκη του ΔΠΘ είναι συνδρομητής σε ηλεκτρονικές βάσεις, είτε μέσω απευθείας συμβάσεων, είτε μέσω συμβάσεων του δικτύου Συνδέσμου Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών με τους διαθέτες. Το ΔΠΘ έχει ενσωματώσει στις βιβλιοθήκες του το λογισμικό πρόληψης λογοκλοπής Turnitin, που διατίθεται στα μέλη της Πανεπιστημιακής Κοινότητας ως σημαντικό ερευνητικό / εκπαιδευτικό εργαλείο. Ο έλεγχος των διατριβών όλων των επιπέδων με το λογισμικό αυτό είναι υποχρεωτικός, ενώ είναι δυνατή και η χρήση του μέσω του eclass για τον έλεγχο των εργασιών των μαθημάτων.
Επίσης, το Ιδρυματικό Αποθετήριο (ΙΑ) του ΔΠΘ υλοποιείται με συγχρηματοδότηση της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του Ελληνικού Κράτους και είναι μια υποδομή για τη συγκέντρωση, οργάνωση, διαχείριση, διατήρηση και προβολή της πνευματικής παραγωγής του ιδρύματος. Το υλικό του είναι οργανωμένο σε συλλογές και μέχρι σήμερα αποτελείται από τη “γκρίζα βιβλιογραφία”, δηλαδή τις πτυχιακές εργασίες, μεταπτυχιακές εργασίες και διδακτορικές διατριβές που έχουν εκπονηθεί στα τμήματα του ΔΠΘ, τη συλλογή περιοδικών και τη συλλογή σπάνιων βιβλίων. Υπάρχει δυνατότητα ελεύθερης πρόσβασης στο υλικό για τα μέλη της φοιτητικής και της καθηγητικής κοινότητας.
